Projektarbeit
Erweiterte Ähnlichkeitssuche bei Proteinen
Inhalt
Die Suche nach ähnlichen Proteinen ist unter anderem für die Bestimmung der Funktion ein wichtiger Schritt. Neben dem Sequenzvergleich ist die geometrische
Ähnlichkeitssuche ein möglicher Ansatz zur Lösung dieser Aufgabe. Dazu wurden am Lehrstuhl bereits verschieden Methoden entwickelt. Eine besteht darin, geometrische und chemische Eigenschaften von Proteinen durch Histogramme darzustellen und Proteine anhand dieser Histogramme zu vergleichen.
Aufgabenstellung
Im Rahmen dieser Projektarbeit sollten Hydrophobzitätshistogramme zur Darstellung der hydrophoben bzw. hydrophilen Eigenschaften von Proteinen erstellt werden. Anschließend sollte getestet werden, ob sich diese Histogramme für die Ähnlichkeitssuche bei Proteinen eignen.
Tools
Programm "Histogramm" von Thomas Seidl
Programm "histogramize" von Gabi Kastenmüller
Personen
Arbeitsplan
| Arbeitsabschnitt |
Zeitbedarf |
| Einlesen in die Thematik, in den Code des bestehenden Systems |
7 Tage |
| Erweiterung des Systems um Hydrophobzitätshistogramme |
7 Tage |
| Evaluierung, Test der Trefferquote für Hydrophobizitätshistogramme |
7 Tage |
Ergebnis
Das Erstellen von Hydrophobizitätsdiagrammen zum Proteinvergleich erwies sich als sinnvoll. Über 90% der untersuchten Proteine konnten mit Hilfe der Hydrophobizitätshistogramme korrekt klassifiziert werden. Mit diesem Ergebnis erwiesen sich diese neue Form der Histogramme als ebenso erfolgreich wie Kombinationen der bestehenden Histogrammtypen.
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1.1.2000 Stefan Schönauer
